Project information
From environmental filtering to repeatome arms races: what drives genome size evolution in flowering plants? (FEFRAR)

Kauzalitu v evoluci nejlépe testuje experiment. Vegetační snímky databáze EVA nabízejí miliony selekčně-kompetičních pokusů s velikostí genomu napříč Evropou za podmínek “měřených” s mikrostanovištní přesností Ellenbergovými indikačními hodnotami druhů ve snímku. V kombinaci s dnešním nárůstem znalosti velikostí genomu právě evropských angiosperm nám to skýtá unikátní šanci kauzálně objasnit, jak selekce velkých genomů (1) roste podél gradientů prostředí a (2) jakými směry zužuje ekologickou niku rostlin a odhalit tím také skutečné příčiny zvláštního latitudinálního S-gradientu velikosti angiospermních genomů. Srovnáním pozitivní selekce s epigenetickou regulací proteinů LTR-transpozonů u stenoendemitních druhů rodů Aloe a Euphorbia chceme odhalit, (3) jak evoluční závody ve zbrojení mezi hostitelem a parazitem (genom a LTR) mění adaptivně velikost genomu techto druhů od Jižní Afriky po Evropu. Projekt propojuje specialisty na ekologii vegetace, genomiku repeatů a evoluci velikosti genomu v unikátně složený mezioborový tým.
Kombinováním analýz sekvencí dlouhých readů, repeatomové dynamiky a selekčních režimů s průtokovou cytometrií a fylogeneticky korigovanými statistickými analýzami dat vegetačních snímků ověříme kauzalitu toho, zda prostředí filtruje distribuci rostlin podle velikosti jejich genomů.